日本播放的《宝可梦》系列动画分为不带小标题的无印篇动画和附带小标题的其他六部动画，附带小标题的6部动画在设定上根据各自的游戏版本而有所不同，并未按照季度划分。

《精灵宝可梦XY&Z》讲述主人公小智揭开从来没有任何人看到过的传说中的神兽Zygarde隐藏的秘密，并且与神秘组织“闪光团”展开激战的故事。小智的精灵甲贺忍蛙出现了不可思议的变化。

精灵宝可梦：世代是精灵宝可梦动画的短片系列，改编自每代的精灵宝可梦游戏。系列一共18集，每集长度3～5分钟，2016年9月17日（东8区时间）起每周于精灵宝可梦海外官方Youtube频道首播。

宝可梦25周年纪念动画《宝可梦进化》（Pokémon Evolutions）。讲述8个地区的训练师和宝可梦一起成长的故事。

在一个晴朗的日子里，两对青年男女索菲（斯蒂芬妮·贝尼特 Stephanie Bennett 饰）、本（安德鲁·邓巴 Andrew Dunbar 饰）、珍妮（梅丽莎·罗斯伯格 Melissa Roxburgh 饰）、戴维（布莱登·佛雷切 Brendan Fletcher 饰）辗转来到一个有着三百年历史的古老村落，这里荒草丛生，遍布着凯尔特人的遗迹，四周弥漫着古朴而神秘的异域气息。他们最先来到村中的小酒馆休息，经当地人介绍，决定前往一处古爱尔兰文明的发祥地探险。他们抵达位于密林深处的小木屋过夜，谁知当四周一片黑暗之际，某种神秘的生物悄悄接近索菲等人的住处。 　　完全没有防备的探险之旅，却在不知不觉间成为命运掌握在他人之手的猎物……

小智与皮卡丘新的冒险开始了！ 新的冒险舞台是自然资源丰富的阿罗拉地区。在阿罗拉地区这个四处都是蔚蓝的天空和蓝色的大海的地方，等待着小智和皮卡丘的是？ 新的精灵宝可梦，新的伙伴，以及新的经历……新的冒险旅程终于拉开了帷幕！ 去吧！全力！大冒险！！

小智与皮卡丘新的冒险开始了！ 新的冒险舞台是自然资源丰富的阿罗拉地区。在阿罗拉地区这个四处都是蔚蓝的天空和蓝色的大海的地方，等待着小智和皮卡丘的是？ 新的精灵宝可梦，新的伙伴，以及新的经历……新的冒险旅程终于拉开了帷幕！ 去吧！全力！大冒险！！

精灵宝可梦，不可思议的生物。可是，还没有人了解所有的宝可梦。以成为宝可梦大师为目标，继续着旅程的小智和伙伴皮卡丘在合众地区的冒险又开始了。新…

来自真新镇的10岁少年小智以成为精灵宝可梦训练大师为目标，即将踏上修行之旅。要知道，精灵宝可梦训练师与宝可梦在冒险时总是时时刻刻在一起，可以说是共同成长的伙伴。而且在共同的生活中产生的彼此的友情力量会让宝可梦在战斗中更加强大。所以，拥有一只适合自己的宝可梦对于宝可梦训练师来说是多么重要！可是，小智因为早上赖床迟到，险些失去挑选精灵宝可梦的资格，于是，他领走了一只被挑剩下的宝可梦——皮卡丘。皮卡丘虽然长相可爱，但性格内向而不亲近人类，稍有不满就乱放电，暴躁的脾气让小智吃尽了苦头。

《周刊神奇宝贝放送局》是日本 TV Tokyo(东京电视台) 在 2002年10月15日 至 2004年9月28日 期间播放的有关《神奇宝贝（动画）》系列的电视节目，共播出了89话。 与其他电视节目略有区别的是，《周刊神奇宝贝放送局》的主持人并非为真实的人物，而是由大家在《神奇宝贝》当中熟知的角色——小霞与小刚来主持，整个节目以动画的形式出现。 内容原本是以重播或是精采画面集合为主，之后慢慢的有一些特殊动画剧情出现。因此节目的内容大致有三类：综艺节目、回顾影集和支线动画(《神奇宝贝 Side Story》)。